Na manipulação de medicamentos, em geral, empregam-se matérias-primas oriundas do exterior e do Sudeste do país, sendo elas facilmente degradáveis, razão pela qual sua armazenagem é feita sob cuidados especiais, como refrigeração, isolamento contra agentes poluidores externos e emprego permanente de testes visando ao controle da qualidade.

Considerada um dos mais importantes insumos utilizados na fabricação de medicamentos, especialmente de homeopáticos e de semi-sólidos (xampus, cremes, loções, entre outros), a água recebe, na Magistral, tratamento especial, com o emprego de equipamento que realiza o processo conhecido como "osmose reversa", que mantém sob controle os níveis de sais minerais e de agentes patogênicos porventura existentes na água. Por exigência da Vigilância Sanitária são realizados, periodicamente, na água utilizada pela empresa, testes para controle químico e bacteriológico, após o que são emitidos certificados comprobatórios da sua adequação para fins de produção de medicamentos e cosméticos.